吉祥航空的前身為東部快線航空，2005年4月由均瑤集團籌辦，2006年初曾更名為「鳳凰航空」[3]，3月23日正式成立。2006年6月14日，經民航總局批准，定名為吉祥航空，同年9月取得《公共航空運輸企業經營許可證》《航空承運人運行合格證》。2006年9月25日，吉祥航空首條航線，上海-長沙正式啟航[4]。2010年9月，吉祥航空航線經營範圍由國內擴大至港澳地區及周邊國家

[5]。

2016年，吉祥航空在南京祿口國際機場設立第二基地[6]。

2018年11月12日中國東方航空股份控股股東東航集團旗下東方航空產業投資，擬出資不超過31.54億元人民幣，認購吉祥航空(603885.SH)不超過1.69億股A股。是次非公開發行股票完成後，若按發行上限計算，東航產投將持有吉祥航空約8.6%的股份

2019年8月29日，東航完成向吉祥香港發行H股，以及東航產投協議受讓吉祥航空7％的存量股份，加上最新的定增後，東航集團合計持有吉祥航空15％的股份。同年10月27日，吉祥航空正式轉場大興國際機場運營。[7]同年11月20日，美國波音民用飛機集團同吉祥航空在西雅圖舉行隆重儀式，共同慶祝中國民航業直接購買的第100架波音787。[8]

2021年2月，吉祥航空宣布旗下上海吉祥航空物流有限公司與東方航空信息部簽署合作協議，雙方將圍繞IFS智慧物流系統，開展物流與技術合作。[9]